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自然界真菌、细菌、病毒的致病方式各不相同，有的利用机械压力或者酶解作用直接穿透植物表层，侵染作物；另外有些病原菌可以通过植物的天然的孔隙，比如从叶片的气孔或者皮孔侵入，导致植物上病；还有的病菌只侵染植物受损伤的组织。不管植物受到哪种病菌侵染，都会刺激作物打开次生代谢，细胞就会产生一系列抗病机制。
但此刻如果没有适当营养供应，没有给予植物参与复杂生化反应过程的必要养分，就会使植物次生代谢处于空转状态，次生代谢产物不会产生，植物自身免疫力也不会提高。这时需要补充中（草）药制剂、微生物菌剂、矿质元素，促进作物的次生代谢。其中中（草）药制剂包括氨基酸类、萜烯类、酚类、黄酮类、生物碱类、鱼腥草素、多硫化合物等高能量物质和硫、钙等多种中微量元素，对植物的次生代谢有很大的推动作用。
植物启动次生代谢抵抗病害的机理：
（1）启动细胞的超敏凋亡程序。有些病原菌只能寄生在或的细胞里，在死细胞里无法生存。植物被这种病原菌接触侵染接触时发生超敏反应，使侵染部位的细胞或者组织坏死形成病斑，使病原菌无法生存而死亡，病原菌基数减少，传播蔓延的范围小或只局限于某一范围。
（2）病原菌侵染信号的传递过程。超敏反应产生一种信号分子沿着韧皮部传递到植物体的各个部分，此时植物的所有细胞都会从正常的初生代谢转入多种次生代谢途径。这时在细胞质膜两侧的离子流启动，释放出钙离子，细胞内产生大量的活性氧和过氧化氢，并使受害植株的费侵染位点也产生诱导抗性，此过程只需要几分钟的时间。
（3）产生SOD和木质素等局部防御机制。伴随受伤细胞的氧化还原的变化，植物体首先激活本身先天的细胞保护机制，首先激活的是细胞质体的超氧化物歧化酶（SOD）和激化酶，同时产生木质素加速细胞壁。其中的角质、木栓质、木质素、胼胝质和类黑色素等组成型高分子次生代谢物可充当阻止病菌侵染的物理屏障，木质化作用可以抵抗病原菌侵染。栓化就像西红柿皮一样的周皮组织，保护植物不被病原菌侵染。比如土豆切开后表面变成褐色，随后出现结壳，土豆的愈伤层显示了植物的自我保护功能。这是植物的一种特殊防御反应，形成防护层阻止病原菌的进一步侵染。木质化提高了细胞抗溶酶的活性，同时增强了细胞壁抗真菌穿透的能力。真菌的菌丝及毒素向寄主的扩散受到限制，水和营养物质向真菌的扩散也受到了抑制。
（4）激活防御基因建立主动防御机制。在信号物质引导下，植物的防御基因，如水杨酸、乙烯和茉莉酸等物质被激活，促使β-葡聚糖酶、几丁质酶、过氧化物酶和其他致病相关蛋白的形成。细胞壁中积累的富含羟脯氨酸的糖蛋白(也称为伸展蛋白)具有加强细胞壁的作用，植物受到病原菌侵染产生的几丁质酶是抗真菌病害物质，可抑制病原真菌的孢子萌发和菌丝生长，从而激活整个植物体内的防御基因，使整个植株表现出对生物胁迫的抗性反应。次生代进产物黄酮类物质能杀死入侵植物体的真菌性病原体；萜烯类和甾类化合物能杀死人侵植物体的各种真细菌和病毒病原体。
